水冷型冷冻式干燥机的运行成本占总产值比例相对较大时，减少运行成本并提高工作效率就尤其受到关注。那么影响水冷型冷冻式干燥机运行成本的因素主要来自三个方面：

1、来自物料影响，如共晶点、热敏感水平、几何尺寸尺寸或薄厚等对所需的干躁时间长短，运行成本都会产生较大影响;

2、所使用的工艺路线的影响，如对物料冻洁终温、冻洁速度、加温温度、升温速率及时机的确定和掌握等都会对干躁速度与运行成本造成影响。

3、冻干机自身的影响。冻干机性能、参数指标、综合素养、能源利用率、运作稳定性、操纵难易程度等都会对干躁效率和运行成本造成影响，甚至严重危害。

减少水冷型冷冻式干燥机运行成本的多个途径：

1、一般成份比较简单的物料共晶点较高，如蔬菜等冻结温度只有-15℃上下，冻洁时间较短，相应加温时间也短，能耗比较少，运作成本较低。而成份繁杂，含有例如盐、糖、脂肪、氨基酸、溶剂等有机或无机成分物料共晶点较低，冻结温度越小，冻洁时间越久，相应加温时间也越久，运行成本越大。

2、一些生物产品如菌类、预苗等物料热敏感性很高，加温温度不可以太高(-15℃~30℃)，吸收热量艰难，因此需要干躁时间很长，运行成本会很高。而热敏感性不高的物料(如普通食品)加温温度能够很高(75℃~100℃)，干燥时间会大大缩短，运行成本会很低。

3、同样净重下，几何尺寸越低、薄而松散的物料冰面积越多，越有益于提升，干燥时间越少。如将较大块的物料分割或粉碎成较小的碎渣，可大大提高升华干燥速率，减少运行成本。

4、减薄商品放料薄厚，在装料量及设备动力耗费不变的情况下适当增加干躁搁板面积，可提燥搁板的传热能力，减少冻洁和加温干燥时间，减少运行成本，但设备投资会略有增加。